长期以来，每年都有大量泥沙随着河水、雨水进入滇池，滇池内的淤泥也以每年两厘米的速度在上涨。随着日积月累，到上世纪末，滇池中的淤泥存量已达8500万至1.2亿立方米左右。不断增厚的淤泥不仅会造成沉水植物无法生长、破坏水体生态链，其中富含的氮和磷也是蓝藻暴发的主要原因。